Wer zum ersten Mal als Besucher nach Elsen kommt, erkennt rasch, dass er sich auf historischem, traditionsreichem Boden befindet. Straßennamen wie „In der Herrschaft“, „Deutsch-Ritter-Allee“ und „Vogteistraße“ deuten zweifelsohne auf eine sehr alte Ortschaft
hin, deren Geschichte eng mit dem Deutschen Orden verbunden ist. Der Deutsche Orden spielte somit nicht nur in der Vergangenheit Elsens für Ort und Kirche eine wichtige und herausragende Rolle. Auch die Gegenwart wird durch die Aktivität des Ordens, getreu seinem Leitspruch „Helfen und Heilen“ geprägt; insbesondere durch den Deutschordens, Jugend- und Familienhilfe Elsen e.V.
Als Kern der Siedlung Elsen darf wohl das Elsener Haus angesehen werden, das auf einen Saalhof aus der Zeit der fränkischen Landnahme im 4./5. Jh. zurück-geht. Ob dieser Bau auf einem römischen Vorgängerbau beruht, bedarf noch einer Klärung. Alte Urkunden weisen eine zuweilen andere Schreibweise auf; so zum Beispiel Elze, Else, Ehlse, Ehlsen, Eilze, Elße oder auch Elssen.
Die Elsener Pfarre ist bereits urkundlich seit dem 13. Jahrhundert nachgewiesen. Nachgewiesen ist auch, dass Elsen seit dem 12. Jh. eine Kirche besaß und der heute noch erhaltene Turm aus der Zeit um 1180 datiert. Nachzuweisen und zwar durch Urkunde aus dem
Jahre 1222, ist der Eigentümerwechsel (Schenkung des Patronats) von Theodorich von Millendonk an das Kloster der Regulierherren bei Neuss. Es heiß dazu in der Verkaufsurkunde: „Anno 1222 ius patronatus ecclesiae in Elsen monasterio nostro donatum
est et libere resignatum fuerit per nobilem virum Theodorum de Mylendonk.“
Die Herrschaft des Deutschen Ordens über Elsen beginnt 1263 mit dem Kauf des Dorfes Elsen. Rütger, edler Herr zu Brempt, und Sophia, seine Tochter, verkauften das Dorf Elsen mit der weltlichen Gerichtsbarkeit, dem Zehnten, den Mühlen, Häusern, Äckern, den Mannen und Vasallen und dem Patronat für 610 Mark an die Brüder der zum Deutschen Orden gehörenden Kommende Gürath (lag in der Nähe von Neurath und musste im Jahre 1900 als erster Ort dem Braunkohletagebau weichen). Diese für das Mittelalter nicht untypische Konkurrenzsituation verschiedener Herren wurde schließlich dadurch über-wunden, als das Regulierherren-Kloster am 19. März 1263 auf sein zuvor erworbenes Rechte an der Elsener Kirche, zugunsten der Brüder des Deutschen Ordens verzichtete. Die Brüder hatten somit das Patronat über die Pfarrkirche inne und besetzten so auch die Elsener Pfarrstelle bis zu Säkularisation.
Für die Pfarrgeschichte von Elsen und Umgebung ist das im Pfarrarchiv aufbewahrte Copeyenbuch von besonderer Bedeutung. Es enthält 83 Urkunden, darunter 71 notariell eglaubigte und untermauert die enge Verbindung der Pfarrgemeinde St. Stephanus zum
Deutschen Orden. Während der Franzosenzeit wurde auch die Pfarrstruktur völlig neu geordnet. Der Deutsche Orden verlor seinen gesamten Besitz nun auch in Elsen. Gottlob blieb der letzte Pfarrer an St. Stephanus aus dem Deutschen Orden, Reiner Herriger (Pfarrer in Elsen von 1767-1821), auch weiterhin Pfarrer in Elsen, jedoch gehörte seine Pfarrei seit 1801 durch den Frieden von
Lunéville zu Frankreich und auch nicht mehr zum Erzbistum Köln, sondern zum neu gegründeten Bistum Aachen. Des Weiteren verlor Elsen im straff zentralisierten französischen Staat seine Stellung als freie Herrschaft. Durch die Einführung neuer Verwaltungsstrukturen wurde Elsen zum Hauptort eines Kantons, einer Verwaltungseinheit, die mehrere Bürgermeistereien umfasste und diesem Umstand verdankte Herriger und seine späteren Nachfolger die Beförderung zum Kantonal Pfarrer (Curé), denen die Bezeichnung „Oberpfarrer“ zuerkannt wurde. Auch nachdem die Preußen am 1. Juli 1815 infolge der Neuordnung des alten Europas durch den Wiener Kongress die Nachfolge der Franzosen im Rheinland antraten, behielten die Elsener Pfarrer diesen Titel bei, ebenso wie die Neusser ihren Oberpfarrer an St. Quirin.